上海交通大学医学院的前身是上海第二医科大学。原上海第二医科大学由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，新的上海交大医学院成立，崭新的上海交大医学院由教育部、上海市政府继续重点共建。
 

    上海交通大学医学院基础医学实验教学中心实验用房总面积为5000m2，除解剖学实验室外,主要实验室位于四号楼内。有实验室30间，准备室、标本室、电教控制室共 16 间，可容纳900名学生同时进行实验。
 

    基础医学教学仪器设备达2638台件，设备金额为2423万元，其中10万元以上基础医学教学设备 20台，金额达731 万元。基础医学实验教学中心目前有专兼职教师和实验技术员122人，其中专职教师和实验技术员45人中：教授10人、占22%，副教授12人、占27%，中级及其他的23人、占51%；博士学位者13人、占29%，硕士学位者14人、占32%，学士及其他的18人、占39%。中心主任由教授担任，各实验室主任分别由教授或副教授担任。基础医学实验教学中心现有国家级精品课程2门，上海市级精品课程4门，上海市重点课程建设项目4项。
 

    基础医学 实验教学中心面向医学院全体本科（包括临床医学八年制289人、临床医学五年制560人、口腔医学七年制80人、检验120人、高护180人、药学60人等）9个专业和980人研究生实验教学。开设实验课程25门，开设实验项目153项，每年参加实验学生达3000余人，每年完成36万实验人时数。
 

    为培养21世纪创新型医学人才提供一流的教学条件。2007年基础医学实验教学中心进入快速进入发展价段。实验教学中心的组织架构为基础医学院管理，基础医学实验教学中心独立运行的教学实体。
 

2007年被评为上海市级实验教学示范中心。