1.理顺管理体制，教学资源共享。形成基础医学院领导，基础医学实验教学中心独立运行、人员归属实验教学中心的管理体制；教研室为支撑，学科建设与实验室建设相结合，理论教学与实验教学相结合的原则。以整合、共享实验教学资源为基础，建立仪器设备先进、资源共享、开放服务的实验教学环境，建立现代化的高效运行的管理机制，为多学科实验教学的交叉、融合提供技术平台；建成以培养学生实践能力和创新能力为主的平台，全面提高实验教学水平。
     2.独立运行的教学实体。基础医学实验教学中心建立后，原来隶属于教研室及学科的教学实验室从12个教研室分离出来，实验教学也从课程中分离出来重新整合，形成独立的实验教学课。相关人员从教研室脱离，编制划入基础医学实验教学中心。基础医学实验教学中心在基础医学院的领导下独立运作及管理。基础医学实验教学中心下设：形态学教学实验室（解剖学、组胚、病理）、功能学教学实验室（生理、病生、药理）、细胞与分子生物学教学实验室（细胞生物、免疫、遗传、生化）、病原学教学实验室（微生物、寄生虫）。
     3.中心主任负责制。基础医学实验教学中心实行中心主任负责制，现任主任为丁文龙教授，另设副主任1人。各实验室各设主任1人。