1．构建实验教学新体系。依据学科特点、内在联系和科学规律，以及医学生培养目标的要求，打破和淡化学科界限，改变以学科为单位的实验课程，构建整合式实验教学课程体系。新的实验课程体系有利于学生生命现象、健康的认识，以及疾病发生、发展演变过程的预防和治疗。
     2．建立 “探究为基础的学习”（Research Based Learning, RBL）。上海交通大学医学院把基本技能与创新意识培养相结合，注重培养能力。在人才培养中凸现研究型大学的优势和责任，注重培养学生的创新能力。我们从2004年构建了以探究未知问题为基础、设计性综合性实验为载体，开放式、学生主动参与的教学方法—“探究为基础的学习”（Research Based Learning, RBL）。近三年，通过RBL教学，学生申报的60个项目列入国家级、市级大学生创新型实验计划项目。学生发表科研论文17篇。
     RBL教学得到了国外同行专家和教授的充分肯定和高度关注。近三年，医学院八年制临床医学法文班的2006、07和08级二十余名学生分别接受了法国、比利时和中国专家共同组成的答辩委员会的面试答辩。学生分别报告了科研课题，得到专家的高度赞扬，以优异成绩通过了面试答辩。中外答辩委员会专家特别对学生在学习医学和法语之余，努力开拓在科研领域的视野表示了深深地感叹。面试后，专家评委一致同意这些学生相当于巴黎笛卡尔大学（原巴黎第五大学）医学院硕士一年级水平（课程学习认证）和直接就读法国硕士二年级的资格（注：法国医学科学硕士为期2年）。2010年以来已有7名学生获得巴黎五大医学院硕士一年级课程学习认证，赴法直接就读法国硕士的二年级。7名学生都已通过论文答辩获得巴黎第五大学硕士学位并学成回国。
     2010年10月，沈晓明副市长在基础医学实验教学中心调研，充分肯定基础医学整合式实验教学课程和实验教学改革。
     3．教学紧密结合科研。我们打通教学科研实验室壁垒，统筹教学科研实验室资源。首先将科研方法和先进技术融入实验教学，学生可用导师实验室的先进仪器设备开展课题研究，了解科学发展的前沿。更重要的是在充满浓厚学术氛围的环境中耳濡目染，学生能亲身感受创新的气息，并分享专家、教授的智慧，启迪科学思维，激发学生的求知欲、想象力和科研兴趣，启迪科研思维，培养科研道德，提升学生科学研究和科技创新的能力，科研反哺教学。
     4．早期接触临床，实验教学与临床实践相结合。学生有机会早期接触先进仪器，了解临床检测技术手段和方法等。实验教学与临床相结合,充分利用附属医院的先进仪器设备、临床资源和师资力量为基础医学实验教学服务。不仅丰富了基础医学实验教学内容，拓宽学生的视野，而且使学生早期接触临床，早期接触前瞻性的医疗仪器设备。基础医学实验教学与临床训练、基础医学实验技能培养与临床实践相结合的实验教学模式，使基础医学实验教学贴近临床实际，适应临床医学实践性强的特点，进而适应“卓越医生教育培养计划”。
     5．实验教学手段多样化。研发数字化虚拟实验，利用计算机虚拟现实技术模拟生物医学实验的全部操作过程。自主研发多个基础医学实验教学数字化虚拟动漫实验软件，上网供学生自主学习，通过电脑独立完成各种数字化虚拟动漫实验。
近三年，基础医学实验教学中心人员获得各级教学成果、教材成果奖16项。其中：国家级教学成果二等奖 1项，上海市教学成果一等奖 1项，上海市教学成果三等奖 2项，上海市优秀教材奖一等奖 2项，上海市优秀教材奖二等奖 1项等（见附件1）。
中心现有国家级精品课程2门，上海市级精品课程5门，上海市重点课程建设项目6项，课程建设、教材建设、教学研究等各级教学项目47项。1门课获国家级双语师范课程，2门课获上海市级优秀教学团队（见附件2、3、4）。
1名教授获“国家级教学名师”称号，1名教授获“上海市教学名师”称号，
3名教授获宝钢优秀教师奖。